解説
neutralizes COVID-19 は「他動詞＋目的語」ですので、空所には主語に相当するものが必要と考え、関係代名詞（主格）の that を選びます。
what は主語になることはできますが、関係代名詞としては先行詞が不要です。また、what neutralizes COVID-19 とすると「名詞節」が形成されることになりますが、その前に、they created facemask と「S+V+O」の完全文がありますので、名詞節を機能させることができません。
it を主語にすることはもちろんできあますが、it neutralizes COVID-19 という独立した完全なセンテンスができるだけで、文の中に組み込むことができません。完全文と完全文をなにもつなぎなしで並べることはできません。
Mexican researchers say they created facemask that neutralizes COVID-19. （メキシコの研究者が「COVID-19」を無効化するフェイスマスクを開発したと発表）
メキシコ国立自治大学の研究者が、COVID-19 のウィルス ( virus ) を無効化するマスクを開発したと発表しました。このマスクは「SakCu」と呼ばれ、銀と銅を用いた三層構造の抗菌性のマスクとのことです。
ウイルス濃度が高い場合は、約8時間で80％以上消失し、ウイルス濃度が低ければ、2時間でウイルスRNAが1つも検出されなかったとあります。
この調査結果はまだ peer review（査読：研究者仲間や同分野の専門家による評価や検証のこと）を受けていないとのことですが、実用化されれば非常に大きなインパクトがありそうです。
https://www.reuters.com/business/healthcare-pharmaceuticals/mexican-researchers-say-they-created-facemask-that-neutralizes-covid-19-2021-08-27/